Hiver 1943. Au pensionnat Saint-Jean-de-la-Croix, Julien Quentin et les autres collégiens, tous fils de bonne famille, étudient les poèmes de Péguy, la géométrie et le grec ancien. En ces temps de rationnement, le froid les fait souffrir et les biscuits vitaminés complètent l'ordinaire frugal servi au réfectoire. Un jour, le père Joseph, qui dirige l'établissement, présente un nouvel élève, Jean Bonnet, à la classe de Julien : "Soyez gentils avec lui", leur demande-t-il. Taciturne, Jean est d'abord chahuté par ses nouveaux camarades, mais, petit à petit, Julien et lui deviennent amis.

Chéri par sa mère, Julien (Gaspard Manesse) se lamente d'être sans ami lorsqu'arrive Jean (Raphaël Fejtö). Le nouveau venu le fascine autant par ses dons au piano que par les mystères qui l'entourent, lui et sa famille absente. Avant de s'apprivoiser, les deux collégiens s'observent, se chamaillent, se bagarrent… L'arrestation en 1944 d'un camarade de classe, caché parce que juif dans le collège catholique où il effectuait sa scolarité, aura marqué Louis Malle toute sa vie. Puisant en partie dans ses souvenirs, il répare avec ce film son regret que leur amitié n'ait pas eu le temps d'advenir. Revisitant ses jeunes années, Louis Malle livre aussi, près de quinze ans après Lacombe Lucien, sa vision de l'occupation allemande, celle d'une France où des hommes de Dieu protégèrent des persécutés, où des soldats allemands étaient parfois serviables, où des collégiens troquaient leurs victuailles et où l'on pouvait aussi dénoncer des enfants pour se venger d'une injustice. Une œuvre bouleversante, multirécompensée dans les plus grands festivals.