Cet article du New York Times du 21 février 2022 fait référence à quatre études, dont trois très récentes qui font le point sur l'immunité à long terme contre les formes sévères de Covid-19 en général et dues à Omicron en particulier, en comparant les personnes une fois ou deux fois vaccinées ou boostées, les personnes convalescentes, voire même les personnes non vaccinées mais qui auraient pu être en contact avec d'autres coronavirus humains ou animaux.
La première étude publiée dans Nature en juillet 2020, donc dans les premiers mois de la pandémie, par des chercheurs de Singapour, fait le point sur l'immunité cellulaire due aux lymphocytes T, et établit une comparaison avec l'épidémie de SARS de 2003, après laquelle on a pu encore retrouver, 17 ans plus tard, chez des personnes ayant été contaminées, la présence de lymphocyte T CD4+ (lymphocytes auxilliaires) et CD8+ (lymphocytes cytotoxiques) visant la nucléocapside (N) du virus, une protéine structurale enrobant le matériel génétique à ARN du virus, ainsi que visant deux enzymes du virus indispensables à sa reproduction :
SARS-CoV-2-specific T cell immunity in cases of COVID-19 and SARS, and uninfected controls
Les deux études suivantes concernent des sujets similaires et ont été publiées pratiquement au même moment, en janvier de cette année 2022, également dans Nature. Elles ont déjà passé l'étape de Peer Review, mais pas encore la revue éditoriale. Elles peuvent donc encore contenir quelques erreurs et n'ont pas encore été publiées dans la revue. Elles concernent toutes les deux la conservation de la réponse des lymphocytes T contre Omicron.
La seconde étude est une étude sud-africaine de l'université de Cape-Town montrant que la reconnaissance de Omicron par l'immunité cellulaire de personnes vaccinées ou non-vaccinées, mais convalescentes d'une infection par d'autres variants, est très bien conservée, indiquant que la majorité des épitopes des lymphocytes T sur la protéine Spike sont situés en dehors du domaine de liaison (RBD = Receptor Binding Domain) au récepteur ACE-2.
T cell responses to SARS-CoV-2 spike cross-recognize Omicron
La troisième étude, du Beth Israel Deaconess Medical Center à Boston, montre que les personnes vaccinées gardent une réponse durable et élevée des lymphocytes T, particulièrement des lymphocytes T CD8+ (cytotoxiques) avec un haut niveau de cross-réactivité entre les variants Delta et Omicron.
Vaccines Elicit Highly Conserved Cellular Immunity to SARS-CoV-2 Omicron
Ces deux études expliquent pourquoi, malgré l'échappement immunitaire de Omicron par rapport aux anticorps neutralisant le RBD, et malgré que le boost en anticorps, par une troisième dose de vaccin voit son activité diminuer rapidement, le nombre de cas sévères réclamant une hospitalisation est très faible, ainsi que le nombre de décès.
Enfin, la quatrième étude est très récente. Elle a été déposée sur le site ouvert bioRxiv, le 15 février 2022 par les laboratoires de rétrovirologie et d'immunologie moléculaire de l'université Rockefeller de New York. Elle étudie les lymphocytes B, qui sont les cellules mémoires prêtes à générer des anticorps en cas d'infection par un agent extérieur déjà connu par l'organisme. Elle étudie l'effet de la troisième dose de vaccin sur l'activité de ces lymphocytes B. Ils montrent que non seulement le nombre de clones (de copies identiques) des lymphocytes B mémoire correspondant aux épitopes connus du site de liaison au récepteur ACE-2 (RBD) des variants antérieurs augmentent, mais surtout qu'on observe une diversification de ces clones, et que certains de ces nouveaux clones de lymphocytes B correspondent à des épitopes présents maintenant dans Omicron, et que donc, ces nouveaux clones, tout comme les précédents, peuvent, en cas d'infection, se transformer en plasmocytes, les cellules capables de générer les anticorps nécessaires pour neutraliser le RBD d'Omicron. Notons toutefois que cette neutralisation demeure moins bonne que contre les variants précédents, mais que, combinés à la production efficace de lymphocytes T, l'ensemble assure une protection très soutenue, malgré le nombre important de mutations observé chez Omicron (que ce soit BA.1 ou BA.2) par rapport aux variant précédents.
Increased Potency and Breadth of SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies After a Third mRNA Vaccine Dose
L'ensemble de ces données permet de supposer que si une protection aussi efficace s'est mise en place contre des variants aussi différents des précédents et de la souche originale de Wuhan, une telle protection devrait aussi se mettre en place si d'autres variants très différents également devaient apparaître.